《鬼吹灯》分为上、下两部分，各有四卷故事。事实上，前四部分《精绝古城》、《龙岭迷窟》、《云南虫谷》、《昆仑神宫》的故事已经是一个完整的故事了。到了第《昆仑神宫》卷，故事有了一个完美的结局。

从时间上来说，昆仑寺是故事的开始和结束。

太古时代

无限时代，宇宙存在虚数空间。虚幻空间里有一个原住民，头上长着巨眼。虚空之力就在他的脑海之中，永远不会熄灭。

从太古时代到太古时代，地球上形成了山海生物。就在这时，虚幻空间中的怪物死亡，降临到了地球上方的扎格拉玛山上。

这个怪物虽然死了，却留下了两个奇迹。第一个奇迹是身体腐烂的骨骼，但其脑海中的虚幻空间之力依然不朽，并且通过这股神秘的力量，将脑海中的记忆转化为如同扎格拉玛山之心一样的深渊。鬼洞。第二个奇迹是怪物头顶的巨眼，可以让怪物的灵魂不朽，让其在世界毁灭时涅槃重生。也可以作为打开虚数空间的通道。

这个怪物就是蛇神。在那个遥远的远古时代，人们信仰的是神。

上古时代

远古时期，也就是三皇五皇时期，雪域中出现了远古妖国。这个在神话传说中被称为北妖的国家，与蛇神有着密切的联系。

魔国的先祖首先来到了扎格拉玛山，下降到了无底鬼洞之中。至于这些先祖是如何坠入无底鬼洞的，很可能是蛇神在黑暗中引导他们。总之，魔国的先祖在鬼洞里看到了蛇神的骸骨，得知了很多秘密，比如世界将毁灭重生的秘密、蛇神将在新的世界重生，以及牧尘珠能够打开虚数空间的秘密。召唤黑蛇精剑阿寒，驾驭魔奴的，很有可能就是从这里而来的。最后，魔国先祖恭敬地把蛇神的骨头收集到了僧格南云洞的五个宝箱里，并把蛇骨的巨眼（后世的牧尘珠）带到了昆仑山的卡拉米尔。建立了一个庞大的宗教神权国家，这就是恶魔王国。

妖国的主城是邪洛海城和昆仑凤凰宫，地理位置极为独特。邪洛海城也是雪域最强大的国家，覆盖了周边的国家。同时，它也是一座罪恶之城。

邪洛海城建立后，被视为邪神的女儿的第一代鬼母念兮黑炎出现。念兮黑炎拥有魔眼和无极魔瞳，可以打开牧尘珠内的虚空通道。于是，邪洛海城开始疯狂的用雪域国的奴隶祭祀蛇骨，而这些奴隶看到虚空后就会感染鬼洞诅咒，死的时候会很惨。然而魔国并不关心这些奴隶的死活。他们只是想让邪洛海城的子民在世界毁灭、蛇神重生之际，在新的世界中生存下去。

念兮白言死后，化为一具冰山晶尸，埋葬在雪域龙顶冰川之下。从此以后，并不是所有的鬼母都拥有魔眼，妖国通过静下心来、开天眼的方法，选择了鬼母。每当魔眼鬼母出现，邪洛海城就会疯狂祭祀奴隶。雪域国虽然多次抵抗，但已经无法战胜魔国的恐怖力量了。

直到雪域伟大的格萨尔王出现，事情发生了变化。格萨尔王与莲花生大士制定计划，派武士潜入邪罗海城，盗取牧尘珠。就在此时，邪洛海城再次神秘毁灭，魔国彻底崩溃。再也无法抵挡格萨尔王率领的浩浩大军，牧尘珠也在战乱中漂流到了中原。

另一边，扎格拉玛山也迎来了第二批居民。这些居民就是先知。他们在圣山生活了数百年。发现鬼洞后，他们尝试用仿玉眼球窥探鬼洞的真相。结果，灾难降临，他们不得不背井离乡。为了打破鬼洞的诅咒，这个倒霉的家族在中原寻找牧尘珠。

商周时期

商王武丁时期，从崩塌的山峰中得到玉眼球。武丁认为玉眼球是黄帝赐予不朽的，因此正式将其命名为“牧辰珠”，并铸有铭文的铜鼎以示纪念。从此，牧尘珠就成为皇室收藏中的稀世珍品。

商末周初，牧尘珠到达了周文王手中。周文王根据周天老卦推演出牧尘珠，并断定牧尘珠象征着长生不老，来自凤凰之地。被秘密刻在凤鸣岐山的龙骨天书上。这样的龙骨天书还有很多，龙陵的一些王公贵族都留下了一本。秦汉以后的特权阶层都保留了凤鸣岐山的异文龙骨，大概是出于对长生不老的向往，希望有一天能够解开其中的秘密。

在此期间，继承魔国信仰的轮回教出现在雪域。轮回教也相信轮回和重生，但邪洛海城毁灭后，他们失去了许多核心秘密。于是，轮回教挖出了龙鼎冰川鬼母念兮黑岩的坟墓，取出了她的魔瞳和鬼脑，并利用虚空之力，用她的记忆重新建造了一座影煞洛海城。

许久之后，扎格拉玛山迎来了第三批居民，——鬼洞族。鬼东族很可能是魔国或者轮回教的后裔。他们是精绝王国的前身，后来在扎格拉玛山建造了精绝王城。

秦汉时期

秦汉时期主要是献王和精绝皇后的活跃时期。

汉武帝时期，古滇国得到平定。汉武帝听说古滇国有上古神器“牧尘珠”，便派人前去索取，引发了滇王与献王之间的纠纷。献王不愿意交出牧尘珠，便带着牧尘珠和他的部下离开了滇国，前往折龙山建立了自己的国家。此后，献王什么也没做，只是专心在虫谷修建陵墓。在他死后，他甚至将牧尘珠放入口中，带入了陵墓之中。至于献王为何如此执着，那是因为他通过牧尘珠占卜看到了雪域神殿，却以为那是天宫。另外，他还看到身后有三个眼珠形状的人迎接他成仙，所以贤王坚信他可以成仙。

抛开西南的献王，就去西域的扎格拉玛山。这时，奇人精绝女王也出现了。一双鬼眼，可以将人驱逐到虚幻的空间。她掌握了先知一族的玉眼珠，可以召唤黑蛇。正是因为精绝女王的存在，精绝才成为了西域最强大的国家。

就在这时，先知一家回来了。他们找不到牧尘珠，所以想要下到无底鬼洞去寻找诅咒的来源。然而扎格拉玛山已经被精绝占据了。先知世家的前辈想出了一个计划，让古墨王子用缓药祭出一只金羊来害她，然后联合西域三十六国一举灭掉精绝。然而，一场黑色的沙尘暴立刻出现，掩埋了一切。此后，先知家族多次进入沙漠，但再也找不到扎格拉玛山，只好放弃。

唐宋元明清

唐、宋、元、明、清历代，扎格拉玛山的美景逐渐成为传奇。雪域轮回教历来流传，明代时在古格王城建有轮回寺。

当时，一位葡萄牙神父前来盗取宝藏，并绘制了一张《圣经》的埃洛海城地图。然而，还没等神父前往，就因宗教冲突，被轮回教活活打死。死后，他成了黑恶棍。轮回教收服了黑色邪气后，将其皮毛剥下，包裹成一个恐怖的面具，编号《圣经》，扔进了轮回殿的食罪巴鲁洞窟之中。

然后就是牧尘珠的流通。宋代，先知一族发现了商王武丁铸造的铜鼎，正式成为半山道教。他们开始寻找牧尘珠，但线索断断续续，并没有取得大的进展。

蒙古人灭西夏之后，就有了关于牧尘珠的消息。元朝听说牧尘珠为西夏王室收藏，派将领前去调查。将军发掘了许多西夏王陵，却一无所获。经过多方打探，他得知他们就在黑水市的通天禅寺。然而黑水城已被风沙掩埋，大军前去征伐蛮族，将军并没有追击。后来这位将军战死湘西平山，葬于此处，但壁画上记载了他寻找牧尘珠的经历。事实上，牧尘珠一直在云南虫谷，而黑水城的那颗，只是西周时期流传的一本龙骨书。

民国时期

民国时期，搬山卸山，联手盗坪山。鹧鸪哨进入屏山后，在蒙古将领壁画上发现了有关牧尘珠的线索。于是鹧鸪哨拜莫金老陈为师，一起前往黑水城寻找牧尘珠。结果，廖尘死了，鹧鸪哨也失去了一只手臂，得到的只是一本龙骨书。最终，心灰意冷的鹧鸪哨在托马斯神父的帮助下移民海外。

鹧鸪哨的女婿是杨宣伟，也就是杨参谋的父亲。得知先知家族背负诅咒后，杨宣伟十分担心妻女，想要打破诅咒。碰巧他得到了沃尔特的笔记。沃尔特是一位英国探险家。二战前，他曾率领考察队前往塔克拉玛干。当他回来的时候，队伍里只剩下他一个人了，他已经疯了。然而，他的笔记和照片证实了这座传说中的古城的存在。于是杨宣威就组成了一支探险队前往精绝，却再也没有回来。

摸金三人组时代

杨宣伟失踪后，杨参谋一直惦记着他。 1981年，杨顾问资助陈教授的小团队进行考古研究。当然，和他们同行的还有杨参赞雇来的民工胡八一和王胖子。

1982年，精绝之旅正式开始。经历了沙漠的烈日、狂风和缺水，小队凭借运气成功找到了精绝。然而，九人小队中有四人死亡。逃出来的五人，除了安离曼、没有进入精绝的向导、碰金三人组以及陈教授之外，全部都感染了鬼洞诅咒。